SCIEX GeXP

GenomeLabTM GeXP SingleRail/DualRail GENETIC ANALYSIS SYSTEM Quantitative Gene Expression GeXP SingleRail/DualRail je genetický analyzátor a DNA sekvenátor pracujúci na princípe kapilárnej elektroforézy. Prístroj je svojou konštrukciou optimalizovaný pre potreby laboratórií s rutinnou prevádzkou. Pri konštrukcii prístroja bol kladený veľký dôraz na jednoduchú obsluhu a minimalizáciu možných chýb.

 
Technický popis zariadenia:

8 kapilár so špeciálnou úpravou vnútorného povrchu pre potlačenie elektroendoosmózy. Kapiláry sú univerzálne pre všetky aplikácie – sekvenovanie, analýzu dlhých, krátkych aj SNP (veľmi krátkych) fragmentov. Dva diódové lasery pracujú v blízkej infračervenej oblasti (650 a 700 nm). K vizualizácií fragmentov sa používajú fluórochrómy systému WellRed –skupina Cy. Univerzálny gél pre všetky aplikácie vrátane SNP – lineárny polyakrylamid (LPA) – patentované riešenie Beckman Coulter. Plne automatická analýza – od denaturácie DNA až po identifikáciu báz či alel. Autosampler má kapacitu 96 vzoriek (GeXP SingleRail) alebo 2x96vzoriek (GeXP DualRail) na mikrotitračnej doštičke.

Systém umožňuje automatické prepínanie medzi aplikáciami bez zásahu operátora. • Softvér pracuje pod Windows 2000/XP a podporuje všetky dostupné aplikácie – sekvenovanie, SNP, AFLP, STR, LOH, kvantifikácia DNA fragmentov. Softvér aj PC sú súčasťou systému. • Sekvenovanie – DTCS (Dye Terminator Cycle Chemistry), možnosť až 1000 bp. 8 x 700bp - 100 min, presnosť >98.5% 8 x 500bp - 46 min, presnosť >98.5% CEQence investigator – modul pre pokročilú analýzu sekvenčných dát (detekcia mutácií, potvrdenie heterozygotov …) – je súčasťou dodávaného softvéru. • SNP – extenzia primerov Multiplexing /poolplexing– až 10 lokusov v jednej analýze, separácia len l6 min, až 960 lokusov za 5 hodín. • Fragmentačná analýza - STR, AFLP, LOH, MLPA, footprinting … Fragmenty 60 až 600 bp reprodukovateľnosť lepšia ako ±0.20bp. Možnosť použiť fluórochrómy WellRed alebo Cy5. Multiplexing/poolplexing – až 15 lokusov v jednej analýze, pri dĺžke do 400 bp je separácia 46 min. Softvér umožňuje binning, fingerprinting, kvantifikáciu. • Kvantitatívny multiplexný génovy exprese-systém umožňuje návrh primeru pre multiplexnú génovú expresiu, analýzu aj spracovanie a vyhodnocenie dát multiplexu až 30 génov. K dispozícií sú aj validované kity pre konkrétny sledovany genový expres.

Prednosti prístroja GeXP SingleRail/DualRail 1. Prepínanie medzi aplikáciami – sekvenovanie/analýza fragmentov/SNP analýza je možná automaticky bez zásahu operátora. Všetky typy analýz (vrátane SNP, dĺhých fragmentov aj dlhých sekvencií) používajú univerzálne kapiláry, univerzálny gél a jeden softvér. Univerzalita je umožnená vlastnosťami gélu na báze LPA. LPA gél pre DNA analýzy je patentom Beckman Coulter a používajú ho dva z troch svetových výrobcov kapilárnych systémov pre analýzu DNA – GE (Amersham) a Beckman Coulter. Univerzálne reagencie sú výhodné pre ekonomiku prevádzky, vylučujú možnosť chyby pri prestavovaní systému a šetria čas obsluhujúceho personálu. Použitie dvoch diódových infračervených laserov dáva systému ekonomické aj technologické výhody oproti systému s jedným laserom.

Technologické výhody diódových infračervených laserov. Každý laser obsluhuje iba dve farby, čo umožňuje použiť jednoduchšie a menšie fluórochrómy. Menšie molekuly fluórochrómov znamenajú menšiu inhibíciu polymerázy pri sekvenačnej reakcií a lepšie výsledky pri sekvenovaní ťažších regiónov - Biotechniques (2000) 28, p630-634. V blízkej infračervenej oblasti je v biologických systémoch nižšie pozadie a systém vykazuje veľmi dobrý pomer signál/pozadie. Táto vlastnosť je veľmi dôležitá napr. pri detekcii heterozygotov.

Ekonomické výhody diódových infračervených laserov GeXP nevyžaduje elektrický obvod s 30A ističom. GeXP má malý tepelný výkon a nevyžaduje klimatizáciu. Diódové lasery GeXP sú lacné a spoľahlivé. V prvých piatich rokoch prevádzky vyžadujú výmenu iba vynímočne a cena laserov je nízka.

Ďalšie výhody systému
GeXP SingleRail/DualRail nevyžaduje zdroj dusíka.
GeXP SingleRail/DualRail nevyžaduje znovunastavenie optiky po premiestnení prístroja.
Automatický prevoz zahŕňa aj denaturáciu DNA pred analýzou a výmenu gélu v kapilárach.
Vysoká reprodukovateľnosť analýz - obr. „Overlay“ analýzy
Vysoká rýchlosť analýz – napr. sekvenačná analýza 8 x 700bp je hotová za 100 min, 8 x SNP
detekcia je hotová za 16 minút.